Chaque période historique avait sa propre conception de la peine, et ses propres choix en matière de politiques criminelles. Le musée retrace ces évolutions, considérées comme des épisodes importants dans l'histoire d'une institution qui a marqué la formation des démocraties occidentales modernes : la prison à régime disciplinaire. Des installations d'un grand impact émotionnel, soutenues par une documentation d'archives d'une exceptionnelle rigueur scientifique, contribuent à proposer un parcours muséal sans précédent, d’un incontestable effet, dans la succession d'anciennes cellules d'isolement au sous-sol de la Castiglia.